PCR erreakzioaren ezaugarri nabarmena anplifikazio-ahalmen handia eta sentsibilitate oso handia da.PCRren errendimendua eta detekzio eraginkortasuna hobetzeko, PCR anplifikazio-gaitasuna eta detekzio-sentsibilitatea hobetzeko konpromisoa hartu dugu, baina buruko mina esperimentuaren prozesuan dago.Positibo faltsuak sarritan gertatzen dira, eta laginaren kutsadura gurutzatua edo PCR produktuaren kutsadura kopuru oso txiki batek positibo faltsuak eragin ditzake esperimentuan.
PCR produktuaren bost kutsadura mota
PCR kutsatzeko arrazoi asko daude, gutxi gorabehera kategoria hauetan bana daitezkeenak:
Aleen kutsadura, batez ere, alea biltzeko ontziaren kutsadurak eragiten du, edo alea jartzen denean, ontzitik irteten da zigilatze soltearen ondorioz, edo alea ontziaren kanpoaldean itsatsita geratzen da, eta horrek kutsadura gurutzatua eragiten du;Kutsadurak aleen arteko kutsadura dakar;mikrobio ale batzuk, batez ere birusak, aerosolekin heda daitezke edo aerosolak sor ditzakete, elkarren arteko kutsadura eraginez.
Arrazoi nagusia da PCR erreaktiboak prestatzean, lagin-pistola, edukiontzia, ur bikoitz destilatua eta beste soluzio batzuk PCR azido nukleikoen txantiloiarekin kutsatuta daudela.
Biologia molekularreko laborategietan eta kontrol positibo gisa klonatutako plasmidoak erabiltzen dituzten laborategi batzuetan ere ohikoa da plasmido klonatutako kutsaduraren arazoa.Klonazio-plasmidoaren edukia bolumen unitatean nahiko handia delako, eta tresna eta erreaktibo gehiago behar direlako arazketa-prozesuan, eta zelula bizidunetako plasmidoa kutsatuta egotea oso litekeena da zelula bizidunen hazkuntza eta ugalketa gaitasun handia dela eta.
Anplifikatutako produktuen kutsadura da PCR erreakzioetan kutsadura-arazo ohikoena.PCR produktuaren kopia kopurua handia denez (oro har 1013 kopia/ml), PCR detektatzeko kopia kopuruaren muga baino askoz handiagoa denez, PCR produktuaren kutsadura kopuru oso txiki batek positibo faltsuak sor ditzake.
Aerosolen kutsadura da PCR produktuen kutsadura-modurik seguruena, eta errazena ere ez da ahaztu behar.Azaleko likidoaren eta airearen arteko marruskaduraz sortzen da.Orokorrean, aerosolen kutsadura sor daiteke estalkia irekitzean, lagina aspiratzen denean edo erreakzio-hodia indarrez astintzen denean ere.Kalkuluen arabera, aerosol partikula batek 48.000 kopia izan ditzake, beraz, horrek eragindako kutsadura arreta berezia merezi duen arazoa da.
Bereziki, saiakuntza-laborategiek sarritan abiarazte pare bera erabiltzen dute gene jakin bat probatzeko.Denborarekin, PCR produktuen kutsadura kopuru handia gertatuko da laborategiko espazioan.Behin kutsadura hori gertatuz gero, zaila da denbora laburrean ezabatzea.
Lehenengo hiru kutsadura motetarako, bide eraginkorrak erabil ditzakegu saihesteko, baina PCR produktuek eragindako kutsadura saihestea zaila da, batez ere PCR laborategi ez-estandarrak eraikitzen.PCR prozesuan, pipetaren puntak likidoa zurrupatu eta putz egiten duenean eta PCR tutuaren estalkia irekitzen denean, aerosol bat sortuko da.Aerosolak eramaten dituen DNA molekulak (aerosol batek hamarnaka mila DNA eraman ditzake) zailak dira ezabatzen, airean flotatzen dutelako.PCR esperimentuen hurrengo txanda sartzen denean, positibo faltsuak ezinbestean gertatuko dira.
Beheko irudian ikusten den bezala, kontrol negatiboak dagokion interes-banda ere handitu zuen:
PCRren kutsaduraren eta prebentzioaren gai honen lehen zatia hemen aurkezten da.Hurrengo zenbakiak "PCR produktuen kutsaduraren prebentzioa" bigarren zatia ekarriko dizu, beraz adi egon!
Argitalpenaren ordua: 2017-07-25
